Die Rezeption der Aufklärung in der Theologie erfolgte in besonderem Maße im deutschen Protestantismus. Bevor eine klassische Form gefunden wurde, gab es einige Vorformen, unter anderem die Physikotheologie, die eine Verbindung von Naturwissenschaften und Theologie anstrebte. Mitte des 17. Jahrhunderts entstand diese Form der Theologie, Mitte des 18. Jahrhunderts ebbte sie wieder ab. Mit Mitteln der Natur versucht sie, auf Gott zu schließen, und somit soll alles zum Lob des Schöpfers dienen. Es geht nicht um die Betrachtung der gesamten Natur, sondern um das Auffinden Gottes in den kleinen Dingen (daraus ergeben sich dann verschiedene »Theologien«, so z. B. die Fischtheologie, die Heuschreckentheologie und die Erdtheologie). Träger dieser Art von Theologie waren nicht professionelle Theologen, sondern Lehrer und Pfarrer. Der Hamburger Pastor Barthold Heinrich Brockes (1690-1747) verfasste beispielsweise das neunbändige Werk »Irdische Vergnügen in Gott. Bestehend aus physikalisch-moralischen Gedichten«. Bis heute blieb von dieser Theologie eine Naturfrömmigkeit besonderer Art, aber eine publizistische Flut naturfrommer Schriften, wie sie zur Hauptzeit der Physikotheologie den Markt überschwemmte, gab es nach der Hochzeit der Pt. nie wieder.
Mit Übergangstheologie bezeichnet man die ersten Versuche universitärer Theologie, von der Orthodoxie zur Aufklärungstheologie überzugehen. In der Frühphase dieser Versuche waren Pietismus und Aufklärung keine Opponenten. Christian Thomasius reflektierte die gesamte Ethik neu. Außerdem war er der erste, der Vorlesungen in deutscher Sprache abhielt. Religion fasste er als reine Privatsache auf, eine Relevanz für den Staat ist seiner Meinung nach nicht gegeben. Häresie ist somit kein Tatbestand des Strafrechtes mehr. Christian Wolff (1679-1754) versuchte, Religion und Vernunft zusammen zu bringen. Offenbarung muss sich seiner Ansicht nach innerhalb der Grenzen der Vernunft bewegen. Diese streng logische Vorgehensweise führte zur Ausweisung Wolffs aus Halle (1723); ihm wurde Atheismus vorgeworfen. 1740 wurde er dann aus Marburg zurückberufen und rehabilitiert.
Johann Franz Budde(us) (1667-1729) war Professor zunächst in Halle und dann ab 1705 in Jena. Er lehrte die völlige Übereinstimmung von Vernunft und Offenbarung. Sein Hauptwerk von 1723 sind die institutiones theologieae dogmaticae. Vom Titel dieses Werkes hat die theologische Disziplin »Dogmatik« ihren Namen erhalten. Theologie wird zunehmend als Fach gesehen, das auch seine eigene Geschichte zu reflektieren hat. Johann Lorenz von Mosheim, Professor in Halberstadt und ab 1747 erster Professor an der neu gegründeten Universität Göttingen, führte die pragmatische Geschichtsschreibung ein. Die Geschichte sollte nach ihrer eigenen Dynamik betrachtet werden, nicht mehr als Instrument der Apologetik verstanden werden. Dogmen aus der Geschichte der Kirche erhielten dadurch auch einen Bedeutungsverlust.
Als »Übergangstheologe« in Jena wirkte Johann Christoph Walch (1693-1775).
Ab etwa 1740 änderte sich die Gesamtstimmung des intellektuellen Lebens in Deutschland. Der Geist der Aufklärung herrschte vor. Stück für Stück verabschiedete man sich von der Orthodoxie.
Merkmale der neuen Theologie, genannt Neologie, sind:
Vorreiter der Neologie war der Saalfelder Johann Salomo Semmler (gest. 1791). Er studierte in Halle und grenzte sich vom Pietismus dort ab. Ab 1753 wurde er Professor dort. Sein Hauptwerk war: »Freie Untersuchung des Kanons«. Hier fand er heraus, dass die Evangelien zunächst mündlich tradiert worden waren. Von ihm stammt die Unterscheidung zwischen Heiliger Schrift und Wort Gottes. Persönliche Frömmigkeit wird von der Universitätstheologie geschieden1. Klassische Dogmen der Theologie wurden historisch relativiert.
Im 18. Jahrhundert erfolgte die Trennung in historische Fächer und Systematik. Einer der ersten NT-Professoren war Johann Jacob Griesbach (der ab 1775 in Jena unterrichtete). Ebenso wurde die Kirchengeschichte als eigenes Fach herausgestellt. Die Theologie wurde als abhängig auch von ihrer Geschichte wahrgenommen. Ende des 18. Jahrhunderts wurde die praktische Theologie begründet, ab Schleiermacher erfolgte die theologische Untermauerung der praktischen Theologie (18112).