Der Dreißigjährige Krieg ist einerseits der letzte der Konfessionskriege, andererseits der erste europäische Mächtekrieg. Jeder Versuch, ihn auf eine der beiden Dimensionen zu beschränken, muss zwangsläufig scheitern. Im Dreißigjährigen Krieg bildet sich die konfessionelle sowie machtpolitische Konstellation der gesamten späteren Zeit bis zum Wiener Kongress heraus. Prozentual gesehen starben im Dreißigjährigen Krieg mehr Menschen als im Zweiten Weltkrieg.
Nach der konfessionellen Aufteilung Europas seit dem Augsburger Religionsfrieden 1555 war die Lage in Europa relativ instabil, gekoppelt vor allem an die Schwäche des Kaisers des Heiligen Römischen Reiches nach 1564. Große Probleme bereitete die Möglichkeit für Landesfürsten, Kirchenbesitztümer durch die Reformation einzustreichen. Das war vor allem das Thema auch im Kölner Bistumsstreit. Der dortige Fürstbischof war konvertiert und das rief wiederum die Wittelsbacher auf den Plan, die ihn aus Köln vertrieben und einen Verwandten einsetzten, weshalb das Bistum katholisch blieb.
Zwei Pole bildeten sich immer deutlicher heraus. Auf der katholischen Seite entstand die »Liga« mit Bayern, Augsburg, Würzburg, Bamberg und den Habsburgern, auf evangelischer Seite die »Union«. Das Fürstentum Jülich-Kleve, das bis zu dieser Zeit gemischt war, wurde geteilt; die evangelische Seite wurde Kurbrandenburg zugeteilt, was dazu führte, dass Fürst Johann Sigismund 1613 vom Luthertum zum Reformiertentum übertrat, denn das kleine Fürstentum war mehrheitlich reformiert. Der große Staat Brandenburg hätte nun ebenfalls reformiert werden müssen, aber der Kurfürst gestand 1615 seinen Untertanen zu, ihre Religion zu behalten. Das bedeutete faktisch die Aushöhlung des Augsburger Religionsfriedens.
Anlaß des Dreißigjährigen Krieges waren Autonomiebestrebungen im Habsburgergebiet: Rudolf II. hatte 1609 relative Toleranz für andere Konfessionen zugestanden. Sein Nachfolger Ferdinand II. nahm diese Entscheidung zurück und verfolgte eine radikale Rekatholisierung des gesamten habsburgischen Gebiets (ab 1617). Im Jahre 1618 kam es zum Prager Fenstersturz, in dessen Folge eine protestantische Adelsrepublik mit Friedrich V. von der Pfalz als König in Böhmen errichtet wurde. Weil Ferdinand II. seine Kurwürde, die an Böhmen hing, nicht verlieren wollte, brach der Krieg aus. Er kann grob in vier Phasen eingeteilt werden:
In der ersten Phase tritt 1619 auf der Seite der Habsburger Maximilian I. von Bayern in den Krieg ein, der den Sieg der Habsburger im Jahr 1620 unterstützte. Ihm ging es vor allem darum, Friedrich V. von der Pfalz zu beseitigen, weil diesem die Oberpfalz unterstand. Nach dem Sieg wurde das pfälzische Gebiet den Wittelsbachern zugeeignet, diese ließen die Bibliotheca Palatina aus Heidelberg nach Rom abtransportieren.
Im weiteren Verlauf des ersten Krieges breiteten sich die Kampfhandlungen bis nach Nordwestdeutschland aus, weil die von den Bayern angeheuerten Söldner nicht bereit waren, mit dem Krieg aufzuhören. An ihre Spitze setzte sich nach einer gewissen Zeit der Feldherr Johann von Tilly.
Nun trat Dänemark in den Krieg ein, um den Anspruch des Protestantismus in Norddeutschland gegen die Habsburger und Bayern zu vertreten. Ferdinand II. bestellte daraufhin Albrecht von Wallenstein als Feldherr, der alle waffenfähigen Deutschen rekrutieren sollte. Zur Finanzierung dieses gewaltigen Heeres wurden Dörfer und Städte geplündert und gebrandschatzt. 1629 wurde im Frieden von Lübeck die protestantische Seite zur beinahe bedingungslosen Kapitulation gezwungen und der Norden gewaltsam rekatholisiert. In der Folgezeit entwickelten sich Spannungen vor allem zwischen Bayern und Habsburg, die sich vornehmlich um die Person Wallenstein drehten. 1630 wurde Ferdinand II. gezwungen, ihn zu entlassen.
Im selben Jahr trat Schweden auf der Seite der Union in den Krieg ein. Gustav Adolf errang in kürzester Zeit in Norddeutschland überwältigende Siege. Dieser Siegeszug wurde 1632, als Gustav Adolf in der Schlacht bei Lützen fiel, gedämpft. An seiner Stelle trat in Vertretung der noch viel zu jungen Königin Christine der Reichskanzler Axel Oxenstjerna. Im Jahr 1634 verlor dieser die Schlacht von Nördlingen, der schwedische Siegeszug hatte ein Ende. Allerdings erlitt auch die katholische Seite einen herben Verlust: auf Geheiß des Kaisers nach einer Intrige des Ottavio Piccolomini verlor Wallenstein in Cheb im selben Jahr sein Leben. Der Friede von Prag aus dem Jahr 1635 war weniger ein Kapitulationsfriede als ein Kompromissfriede, sein größtes Manko war allerdings, dass er formal nicht mit dem schwedischen Reich, sondern als innerdeutscher Friede zwischen dem sächsischen Kurfürsten Johann Georg und dem Kaiser Ferdinand II. geschlosen wurde.
In Folge dessen trat Frankreich in den Krieg ein, das bisher auf Seiten Habsburgs gekämpft hatte. Nun wollte es sich aus der Umklammerung von beiden Seiten her lösen. Der Deutsch-Europäische Krieg hatte begonnen. Im Zuge dieses letzten Krieges litt die Zivilbevölkerung am meisten. 1641 wurde aus Erschöpfung auf allen Seiten der Hamburger Präliminarfriede geschlossen. Ab 1644 wurde in Münster und Osnabrück verhandelt, bis am 24.10.1648 endlich der Westfälische Friede geschlossen wurde. Bis zu diesem Zeitpunkt hatten die Kampfhandlungen nie aufgehört.
Im Westfälischen Frieden wurde die Ordnung etabliert, die bis 1806 hielt. Es wurde beschlossen:
Konsequenz des Friedens war der Austritt der nördlichen Reichsteile und der Schweiz sowie des oberitalienischen Teils des Reiches aus dem HRRDN. Das führte auf lange Sicht zum Aufstieg Brandenburgs und später Preußens als europäischer Vormacht. Neben Habsburg und Brandenburg bestand das Reich aus 350 bis 400 Einzelstaaten. Außerdem wurde Frankreich zur europäischen Großmacht. Das Papsttum spielte keine Rolle mehr. Ab jetzt wurde die europäische Ordnung säkular.
Die Konfessionen schlossen eine Art »Waffenstillstand« und religiöse Themen wurden nicht wieder zum Politikum. Dies war der Beginn der Religionsfreiheit und der religiösen Toleranz. Auch das Reformiertentum wurde nun geschützt. Machtblöcke orientierten sich nicht mehr länger an konfessionellen Grenzen.