Nach dem Sturz Robbespierres 174 wurde das Direktorium als relativ schwache Führungsspitze geschaffen. Das Direktorium war unausgesetzt Angriffen von Links und Rechts ausgesetzt. Die Grundsituation war wie geschaffen für eine Militärdiktatur.
1769 in Ajaccio auf Korsika geboren, stieg Napoleon Buonaparte während des Koalitionskrieges gegen Habsburg in höhere Ränge auf. Nach aufsehenerregenden Siegen in Oberitalien 1796/97 war der Mythos Napoleon geboren. 1799, nach weiteren Siegen in Ägypten, wagte er den Staatsstreich, setzte das Direktorium ab und ließ sich als ersten Konsul wählen. 1804 führte er den code civil ein, 1801 schloß er ein Konkordat mit dem Papst. Danach konnte der katholische Kultus in Frankreich wiederaufgenommen werden, der durch die Revolution und die Zeit der Jakobiner ausgesetzt worden war.
Nach anfänglichen Erfolgen wurde Napoleon größenwahnsinnig. 1804 ließ er sich in einer beispiellos seltsamen Zeremonie zum Kaiser salben. Er ließ den Papst nach Paris kommen; als dieser sich weigerte, die Krönung vorzunehmen, setzte sich Napoleon die Krone selbst auf; daraufhin wurde er vom Papst gesalbt. In der nachfolgenden Zeit ließ er sich auf eine Weise stilisieren, die den Idealen der Revolution krass widersprach. Er führte den Adelstitel wieder ein. 1805-1086 zog er gegen Preußen, um es im Oktober 1806 bei Cospeda vernichtend zu schlagen. Die Regierung Preußens wurde von Berlin nach Königsberg verlegt, um wenigstens einen Reststaat zu erhalten.
Ab 1808 wendete sich das Blatt für Napoleon. Desaströs war der Russlandfeldzug von 1812, der einem Pyrrhussieg glich. 1813-1815 erhob sich Europa in den Befreiungskriegen gegen Napoleon, 1814 war er bereits nach Elba verbannt worden, von wo es ihm noch einmal für 100 Tage gelang an die Macht zu gelangen; 1815 wurde er endgültig nach St. Helena verbannt.
Napoleon war der Anlass für die Bewegungen in Deutschland hin zur Säkularisierung.
Formalgrund war der Abtritt der linksrheinischen Gebiete des HRRDN an Frankreich. Als Ausgleich dafür wurde Venedig Österreich einverleibt. Auf politischen Druck Napoleons hin wurde die Deputation für die Neuordnung des Deutschen Reiches gegründet, die 1803 den Reichsdeputationshauptschluss1 verabschiedete. Dieser enthielt Maßgaben für:
Dennoch sollte die Religionsausübung »ungestört« fortgesetzt werden, was angesichts der völligen Enteignung der Kirche als ein Witz anzusehen ist.
Die umfangreichen mit dem RDHS verbundenen Reformen machten deutlichk, dass die Zuordnung der Religion auf den Herrscher nicht mehr funktionieren konnte. Katholische Länder hatten die größten Probleme mit der Umsetzung dieses Beschlusses.
Die Machtgewichte im Reichstag verschoben sich daraufhin hin zum Protestantismus, es kam auch zur Mehrheit der protestantischen Kurfürsten. Der Reichsgedanke an sich hatte lange schon an Bedeutung verloren, und so sehnte man sich nach einer Entzentralisierung und Neuordnung.
Für die Architektur des Reiches war die Umgestaltung der Territorien kein marginales Problem. Bis heute hat dies Konsequenzen, so werden die Domkapitulare in Köln nach wie vor vom Staat gezahlt und manche großen Dome sind der staatlichen Obhut anheimgestellt, was vor allem ihre Renovierung angeht. Kirchengut wurde Nationalarchiven und -bibliotheken zugeführt, auch das ist bis heute am Grundbestand zum Beispiel der Bayerischen Staatsbibliothek München zu sehen.
Bischofsstand und Adel wurden voneinander geschieden, so dass auch Menschen anderer Bevölkerungsschichten nun Bischof werden konnten.
Im direkten Zusammenhang mit dem RDHS wurden Stimmen nach einem protestantischen Kaiser laut. Doch dies hatte keinerlei Konsequenzen mehr. Der 1804 gekrönte Kaiser Franz II. legte 1806 die Kaiserkrone nieder und erklärte das Reich für erloschen.
Damit ging eine nahezu tausendjährige Institution zu Ende, die Reichsidee starb aber erst nach dem Hitlerreich 1945 - vollkommen unmöglich gemacht.
Der Zusammenbruch des Reiches 1806 wurde zunächst kaum wahrgenommen, da das HRRDN so oder so von Napoleon überrollt wurde. Als aber Napoleon besiegt war, traf man sich in Wien von September 1814 bis Oktober 1815, um die Neuordnung Europas zu überdenken. Man entschloss sich für ein Europa der souveränen Einzelstaaten. Zum ersten mal taucht 1815 der Begriff »Deutschland« auf.
Man gründete den Deutschen Bund als Bund aus 41 souveränen Einzelstaaten. Preußen als der größte Staat im Deutschen Bund beherbergte jedoch keine gemeinsame Hauptstadt. Diese gab es nicht real, obwohl in Frankfurt ein »Bundestag« eingerichtet wurde. Als »Gegengewichte« zu Preußen existierten der Rheinbund und Österreich.
Die Bemühungen um eine katholische deutsche Nationalkirche schlugen fehl, es wurde sich auf Rom ausgerichtet; jeder der 41 Staaten hatte ein Konkordat mit dem Papst; dies führte zu einem Aufblühen des Ultramontanismus. Die protestantischen Landeskirchen wurden ebensowenig zusammengeschlossen. Das Judentum wurde höhergestellt unter der Prämisse allgemeiner Toleranz.
1 KTGQ IV, 52.